Johan Barthold Jongkind wordt geboren in Lattrop, Overijssel, als achtste van tien kinderen. Voor het werk van zijn vader verhuist het gezin kort na zijn geboorte naar Vlaardingen, en later naar Maassluis. Zijn jeugd speelt zich daardoor grotendeels af langs het water, wat zijn latere voorkeur voor het verbeelden van havens en waterrijke landschappen kan verklaren. Van jongs af aan is Jan - zoals zijn moeder hem noemt – in de weer met potloden en schetsboeken en op school heeft het vak Tekenen zijn enige echte interesse. Na zijn schooltijd zoeken zijn ouders werk voor hem als notarisklerk, maar als zijn vader kort daarop – in 1836 – overlijdt, steunt zijn moeder zijn wens om een opleiding in de schilderkunst te volgen. Hij gaat naar de Teekenacademie in Den Haag, waar hij les krijgt van de directeur de romantische schilder Andreas Schelfhout, die hem ook aanneemt als leerling in zijn atelier.
In 1844 zendt Jongkind een schilderij in voor de tentoonstelling van Arti et Amicitiae dat als ‘zeer modern’ wordt ontvangen door de losheid van schilderen en de vrije compositie. Hij heeft al jong een eigen stijl ontwikkeld, waarbij hij talent koppelt aan eigenzinnigheid, onafhankelijkheid en nuchterheid. Daarnaast beschikt hij over een grote opmerkingsgave en een bijzonder sterk visueel geheugen.
Een jaar later komt de Franse schilder Eugène Isabey naar Nederland, om o.a. een talentvolle leerling te vinden. Hij bezoekt zijn vriend Andreas Schelfhout, en die attendeert hem op Jongkind, zijn allerbeste pupil. Jongkind krijgt een toelage van 300 gulden van de Prins van Oranje om Frans te leren en zal tot 1853 jaarlijks een Koninklijke toelage van 100 gulden ontvangen. En zo vertrekt hij op 20 maart 1846 naar Parijs, waar hij gaat wonen op Place Pigalle, waar op dat moment veel jonge schilders, zoals Rousseau, Boudin, Courbet en Corot, bezig zijn zich te bekwamen in het ‘en-plein-air’ schilderen en te verhuizen naar Barbizon.
De overgang van het ‘dorpse’ Den Haag naar het flamboyante Parijs is groot, maar Jongkind maakt al snel vrienden in de Parijse kunstwereld dankzij zijn goedmoedige, enigszins naïeve karakter. Hij voelt zich er thuis en gaat graag uit, waarbij hij zeker niet vies is van een drankje. De rode draad in zijn leven is- naast zijn grote talent – zijn alcoholprobleem in combinatie met regelmatig terugkerende vlagen van paranoia. Het meest frappante in dergelijke perioden is dat zijn werk er niet onder lijdt, terwijl zijn persoonlijke verzorging en levensritme verstoord raken.
In 1847 maakt Jongkind voor het eerst een studiereis naar Normandië en Bretagne, Het werk ‘Port du mer’ dat hij er maakt en vervolgens in 1848 instuurt naar de Parijse Salon, wordt goed ontvangen. Boudin omschrijft hem als ‘De ontdekking uit Holland’. In hetzelfde jaar logeert hij met Schelfhout op Paleis Het Loo, waar deze hem de techniek van het aquarelleren bijbrengt. Deze techniek wordt heel belangrijk in Jongkinds oeuvre: ze is vluchtig, buiten toe te passen en zeer geschikt voor iemand met een vaste hand van werken, zoals hij.
Ondanks zijn artistieke groei en prettige sociale leven zijn de leerjaren in Frankrijk moeilijk voor Jongkind op de momenten dat de zwaarmoedigheid overheerst. Als in 1853 de Koninklijke Subsidie stopt en het daarna privé ook niet lekker loopt, vertrekt hij in 1855 – kort na het overlijden van zijn moeder - voor langere tijd naar Nederland. Hij is er zeer productief: schildert en aquarelleert volop en stuurt zijn werk naar kunsthandelaar Pierre-Firmin Martin, die zijn zaken behartigt in Parijs. Maar hij mist (de kritiek van) zijn Franse schildervrienden, die hem een enkele keer opzoeken en waarmee hij vooral veel correspondeert. Hij heeft last van hallucinaties, maar wonderlijk genoeg, wordt zijn hand steeds vaster en in zijn kleur- en lichtgebruik treden veranderingen op, waardoor veel later wordt opgemerkt door Victorine Hefting: ‘Dit is het begin van wat men bedoelt wanneer hij als voorloper van het impressionisme wordt aangeduid’.
Vijf jaar na zijn vertrek uit Frankrijk, in 1860, halen, kunsthandelaar Martin en Jongkinds Franse schildervrienden hem - als een van hen - terug naar Parijs, waar ze een kamer voor hem hebben gehuurd en ingericht. Het benodigde bedrag voor deze hulpactie is opgehaald op een voor hem georganiseerde veiling, waarvoor ze allemaal een eigen schilderij inbrachten. Een keerpunt in zijn leven is de ontmoeting met Joséphine Fesser in 1861. Zij is in Namen geboren uit Nederlandse ouders; een tekenlerares, die is geïnteresseerd in (schilder) kunst en later zelf ook zal gaan schilderen. Ze is getrouwd met Alexandre Fesser, een kok, waarmee zij een zoon heeft, Jules, die meestal bij zijn vader logeert. Jongkind voelt zich tot haar aangetrokken en zij is geïnteresseerd in zijn werk en hemzelf en voelt een moederlijke neiging om hem te helpen. Met haar hulp krijgt hij zijn leven in het gareel en Jongkind en ‘Madame Fesser’ worden onafscheidelijk. Hun leven speelt zich af in Parijs,- waar zij later samenwonen – langs de Normandische kust - Honfleur, Le Havre met zijn badplaats Ste. Adresse - en in Nevers, waar zij Alexandre Fesser en Jules vaak bezoeken. Ook Nederland wordt regelmatig aangedaan. Overal waar hij is, probeert Jongkind het licht op intuïtieve wijze te ontleden. Hij houdt niet van theorieën en wil alles zelf ontdekken. Naast zijn opleiding blijft hij altijd een pionier, die bij elke stap zelf besluit hoe hij verder zal gaan. Zijn werk wordt steeds vrijer en onafhankelijker; hij weet met weinig middelen een optimaal effect te bereiken, waardoor zijn mooiste aquarellen ontstaan in deze periode. Jongkind heeft zijn definitieve top gevonden. Zijn werk lijkt een samensmelting van de dampigheid van het Hollandse waterland en de Franse helderheid Zijn collega’s zijn vol lof en doen hem dit niet na. Jongkind deelt zijn werkwijze graag met hen. Hij werkt met o.a. Monet, Boudin, Sisley, Diaz, Troyon en Corot. In september 1864 trekt hij bijna dagelijks op met Claude Monet, met wie hij bevriend raakt. In juli 1865 noemt Monet hem in een brief aan zijn schildervriend Bazille ‘mijn ware leermeester’ en hij schrijft ‘Aan hem dank ik het ware onderricht van mijn oog’. Maar ook enkele andere schilders zullen later zijn invloed op hun ontwikkeling erkennen.
In de periode 1866-’69 bezoeken Jongkind en Madame Fesser Nederland vier maal. Hij stuurt meer dan 50 aquarellen naar Parijs, waar later zijn olieverfschilderijen uit ontstaan. Ook onderweg in Antwerpen ontstaan de prachtigste werken. Hij zit soms uren aan het water een situatie te observeren en maakt daarna in twintig minuten een aquarel. In 1869 ontstaat een reeks schilderijen van Rotterdam en Gouda, voornamelijk nocturnes, die vooral in Frankrijk erg gewaardeerd worden.
Door zijn leven in Frankrijk en het Franse enthousiasme voor zijn werk voelt Jongkind zich net zozeer met dit land verbonden als met Nederland.Tijdens de aanleg van de grote boulevards in Parijs -rond 1868 door Haussmann - is hij erbij. Hij ziet het schilderwaardige van deze bouwputten en werkt onafgebroken, wat hem in 1873 de aandacht van Émile Zola - die hij kent via Monet - oplevert in een artikel in ‘La Cloche’: ‘Deze intense liefde voor het hedendaagse Parijs heb ik bij Jongkind teruggevonden, ik kan niet zeggen met hoeveel vreugde. Hij heeft begrepen dat Parijs tot in zijn afbraak toe schilderachtig blijft’.
Na het overlijden van Alexandre Fesser in 1875 en van Jongkinds laatste familielid in Nederland wordt er ineens veel minder gereisd. Jongkind is inmiddels 57 jaar en oud voor zijn leeftijd door zijn vele kwalen. Jules Fesser koopt het huis Beau Séjour in La-Côte-Saint-André voor zijn gezin en richt er ook voor zijn moeder en Jongkind een woon- en atelierruimte in. La-Côte-Saint-André wordt Jongkinds nieuwe inspiratiebron. Het huis, het dorp, de omgeving: hij wordt er dagelijks aangetroffen met zijn schetsboek. Hij is nog zeer productief en ook hier ontstaan weer prachtige werken. In 1880 maken ze een reis naar de Côte-d’Azur en hij komt terug met een enorme hoeveelheid aquarellen, die later bijna allemaal terug te vinden zijn in het Louvre.
In mei 1882 wijdt de kunsthandelaar Détrimont een succesvolle tentoonstelling aan Jongkinds werk, de enige ooit gehouden tijdens zijn leven. Edmond de Goncourt schrijft in het Journal des Goncourt: ’Een ding raakte me tijdens deze expositie en dat is de invloed van Jongkind [sic] Ieder landschap dat tegenwoordig een beetje meetelt leidt terug tot de schilder, maakt gebruik van zijn luchten, zijn atmosfeer, zijn bekende elementen. Dat raakt je meteen en het is nooit eerder genoemd, door niemand’.
Hun laatste jaren beleven ze in alle rust en het familieleven krijgt de overhand. Na een attaque in januari 1891 gaat Jongkind naar een verpleeghuis in Grenoble, waar hij op 9 februari overlijdt. Madame Fesser sterft 9 maanden na hem op 23 november 1891.