Jan van der Zee behoort tot de meest getalenteerde schilders van de Groninger Ploeg. Geboren in Leeuwarden, waar hij de HBS volgde, ontmoette hij via zijn tekenleraar Jan Mankes bij wie hij wat tekenlessen volgde. Na een kennismaking, in 1919, met het werk van Bart van der Leck, koos Van der Zee voor het vrije kunstenaarschap. Hij schreef zich in op Academie Minerva in Groningen voor de afdeling Vlakversiering. Door toedoen van Ploeglid Johann Faber leerde hij kunstenaars als Wobbe Alkema en Hendrik de Vries kennen. Mede onder invloed van het werk van Alkema zou Van der Zee in 1924 zijn eerste constructivistische werken maken.
Van der Zee sloot zich aan bij De Ploeg in 1923, gevolgd door Alkema in 1924. Beiden werkten, net als Hendrik Werkman, in een geometrisch-abstracte stijl. Gedrieën vormden zij min of meer de tegenhanger van het expressionisme dat rond die tijd de toon bepaalde binnen De Ploeg. In de composities die van der Zee maakte in de jaren 20 was er vaak duidelijke aandacht voor de structuur van het landschap in een ritme van opeenvolgende vormen en vlakken. Vooral door de negatieve kritiek op dit werk keerde hij in 1926 terug naar het figuratieve expressionisme, werk dat goed ontvangen werd: (vrienden)portretten en landschappen in een sober en donker coloriet, een duidelijk aanwezige penseelstreek in dikke verf opgebracht. Vanaf 1928 trekt Van der Zee er steeds meer op uit om te schilderen wat lange tijd het belangrijkste thema in zijn werd zou blijven: het landschap. Opgezet in losse toetsen en vegen in een licht kleurpalet. Ze ontstaan vooral in de streek tussen het Reitdiep en het Boterdiep en bij het Paterswoldsemeer.
Na de oorlog zocht van der Zee weer naar een nieuwe weg. Met een aantal vrienden, onder wie Jan Jordens en Ekke Kleima, richtte hij in 1950 Het Narrenschip op, dat in zijn korte bestaan de weg vrijmaakte voor een nieuw kunstklimaat in Groningen. Jan van der Zee stond altijd open voor nieuwe ontwikkelingen, hij experimenteerde met verschillende technieken en paste ze ook toe. Naast felgekleurde, figuratief expressionistische landschappen, waarin kleurvlakken gescheiden werden door zwarte contouren, maakte hij ook houtsneden, waar men lovend over oordeelde. De Ploegbiograaf Jos de Gruyter noemde hem ‘een expressionistisch realist’. Langzaam verschoof van der Zee’s werk weer in de richting van een abstract expressionisme in zwierige lijnen en vormen, waarbij, net als in zijn vroegere werk, de visuele waarneming het uitgangspunt bleef. Eind jaren 70 verdween deze lijnvoering weer uit zijn werk. Het constructivistische element overheerste opnieuw en de kleurvlakken werden direct naast elkaar geplaatst.
Vonden Job Hansen en Jan Jordens uiteindelijk aansluiting met de moderne kunst in de rest van Nederland, Van der Zee bleef trouw aan Groningen en het Groningse landschap bleef de spil in zijn werk. Daarnaast vond hij ook inspiratie in het landschap en de steden in het Vlaamse Leie-stroomgebied, dat veel indruk op hem maakte door wat er zich in de oorlog had afgespeeld en dat hij regelmatig bezocht.
Van der Zee was vaardig met verf, snijden van hout, allerlei grafische technieken en monumentale kunstvormen en ontving diverse prijzen voor zijn werk, in 1965 de Culturele prijs van de provincie Groningen. In 1986 hielden het Fries Museum en het Groninger Museum een grote overzichtstentoonstelling van zijn werk. Van der Zee stond tot aan het eind van zijn leven open voor vernieuwing en experiment. Mede hierdoor wordt hij gerekend tot één van de belangrijkste naoorlogse kunstenaars van Groningen. Volgens Henk van Os was hij een van de oud-Ploegleden die ’de openheid om te evolueren, zijn leven lang heeft behouden’.